Добрый день!
То, что обязательства были прекращены зачётом взаимных требований, никак не определяет характер налогообложения данной сделки. Ведь режим налогообложения не изменился бы, если организация, предоставляющая коммунальные услуги, заплатила деньгами. Зачёт взаимных требований - это лишь способ исполнения обязательств.
Цитата: Статья 410. Прекращение обязательства зачетомОбязательство прекращается полностью или частично зачетом встречного однородного требования, срок которого наступил либо срок которого не указан или определен моментом востребования. Для зачета достаточно заявления одной стороны.
Поэтому, изначальный вопрос можно переформулировать в такой:
ИП реализует товары организации, предоставляющей коммунальные услуги, относится ли к ЕНВД данная операция? Ответ на этот вопрос будет отрицательным, поскольку на ЕНВД переводится только розничная торговля, то есть реализация товаров для личного, семейного и иного аналогичного использования, которого не может быть у юридического лица, осуществляющего предпринимательскую деятельность.
Реализация товаров юридическому лицу будет облагаться по УСН, датой дохода будет дата зачёта взаимных требований.